Els òrgans de control aborden les eines que garanteixen l’eficàcia de les eines de detecció i gestió anteriors.
En l’àmbit preventiu dels conflictes d’interès, la funció dels òrgans de control és detectar els incompliments de les regles del risc de conflictes d’interès en què incorri un servidor públic i, si escau, corregir-los. Per tant, garanteixen l’aplicació i l’eficàcia de les diferents eines de prevenció dels conflictes d’interès regulades actualment (les declaracions d’interessos, la regulació de segones ocupacions, les limitacions postcàrrec o el deure d’abstenció). A més, ateses l’especialització i l’experiència en aquest àmbit, els òrgans de control poden oferir assessorament en aquesta matèria.
En l’àmbit contingent, els òrgans de control investiguen també les actuacions parcials del servidor públic, és a dir, influenciades o esbiaixades per un interès particular (actes de corrupció).
La independència és una de les característiques essencials perquè els òrgans de control puguin exercir les seves funcions de manera eficaç i sense influències indegudes. En aquest sentit, la independència no és una finalitat en ella mateixa, sinó una garantia de posició al servei de la imparcialitat amb què s’han de complir les funcions assignades.
Aquests òrgans compleixen les seves funcions inserits en les mateixes organitzacions (control intern) o des de fora (control extern), vinculats amb el poder executiu o legislatiu, segons el cas. La ubicació institucional d’aquests òrgans és un factor determinant per a la independència i l’eficàcia del compliment de les funcions assignades, però no l’únic. Així, també són factors determinants el sistema d’elecció i la possible remoció dels seus responsables i l’autonomia organitzativa i pressupostària amb què hagin estat dotats (recursos materials i humans especialitzats).
La percepció d’eficàcia d’aquests òrgans en el control del compliment de les eines de prevenció dels conflictes d’interès i la certesa d’una resposta sancionadora dissuadeixen de l’incompliment.