La Oficina Antifraude se estructura en tres direcciones:
Prevención
La dirección de prevención gestiona programas de formación, asesora en el diseño de programas de prevención y lucha contra la corrupción, participa en propuestas y recomendaciones en la elaboración de leyes, realiza el seguimiento de las investigaciones finalizadas por la Oficina y prepara respuestas a consultas no vinculantes.
El director de Prevención es el Sr. Jordi Climent i Martí.
Investigaciones
La dirección de investigaciones se encarga del examen, la inspección y de otras tareas operativas de la Oficina, además de velar por la indemnidad personal y profesional del denunciante.
El director de Investigaciones es el Sr. Teodoro Franch Zabala.
Análisis
La dirección de análisis identifica actos irregulares del sector público o privado subvencionado con fondos públicos y se encarga de determinar la verosimilitud de las denuncias y comunicaciones recibidas.
El director de Análisis es el Sr. Carles Quílez Lázaro.